中心行政
(1) 建立制度，固定工作人員。聘用行政祕書一名與專任助理研究人員1-2名。
各組設置組長一名。每年提出工作計畫，經中心行政會議討論通過後，由提案組長負責推動實施。醫技系所有教師為當然組員，共同協助計畫之推動與完成。
(2) 設置中心網頁的各項服務。結合教學、研究、技術、產學、與資訊。
(3) 建立SOP行政作業與實驗室操作標準流程，並以ISO15189醫學領域認證為依據，建立品質管制與品質保證標準化程序。

技術服務方面
(1) 建立並落實有效率的檢測服務，成為南台灣卓越之醫學檢驗技術中心。
(2) 建立收支窗口，開拓中心財務資源。中心財務在三年內自給自足。

教學方面
(1) 開設「醫學分子檢驗生物技術學程」以提供兼具實用與前瞻性之檢驗及生技課程。
(2) 配合教育部改進計劃建立卓越的實驗與檢驗新知教學流程。

研究發展方面
(1) 完成感染、代謝及癌症三個『研究型核心實驗室』研究合作模式之建立。
(2) 產出與中心直接有關之 SCI 論文 20 篇以上。

經費方面
(1) 教育部顧問室委託本系辦理尖端科技人才培育計畫，每年預計250萬元。
(2) 接受其他委託計畫